Die Zeremonie um die eigentliche Selbsttötung wurde über mehrere Jahrhunderte immer wieder verändert, wobei auch geringe regionale Unterschiede entstanden. Zu einem offiziellen Seppuku mit einem kaishaku-nin gehörten jedoch mindestens das Tragen von weißer Kleidung als Symbol für die spirituelle Reinheit (die durch das Öffnen des Bauches zum Vorschein kommen sollte), die Anwesenheit eines Shintō-Priesters und eines Protokollanten, die Einnahme einer letzten Mahlzeit und das Verfassen eines Todesgedichtes (meist in Form eines Haiku). Das Ritual wurde zumeist im Garten des eigenen Anwesens, vor dem örtlichen Shintō-Schrein (jedoch außerhalb der Zugangstore und somit nicht auf geweihtem Boden) oder an einem speziell dafür eingerichteten Platz am Hofe des jeweiligen Fürsten durchgeführt. Seltener dokumentiert sind Seppuku innerhalb eines Gebäudes, für die spezielle Tatami (Reisstrohmatten) mit weißer Borte hergestellt wurden, die nach dem Abschluss der Zeremonie und der Verbrennung und Beisetzung des Samurai entsorgt wurden.